Konsep yang paling penting untuk dipahami adalah sistem pengemasan Debian intinya, sebagian besar sistem Anda harus dipertimbangkan di bawah kendali sistem pengemasan. Ini termasuk:

Misalnya, jika Anda mengganti /usr/bin/perl, itu akan berfungsi, tetapi kemudian jika Anda memutakhirkan paket perl Anda, berkas yang Anda letakkan di sana akan diganti. Para ahli dapat menyiasatinya dengan meng-“hold” paket dalam aptitude.

Salah satu metode instalasi terbaik adalah apt. Anda dapat menggunakan versi baris perintah dari apt serta alat seperti aptitude atau synaptic (yang hanya frontend grafis untuk apt). Perhatikan bahwa apt juga akan memungkinkan Anda menggabungkan main, contrib, non-free, dan non-free-firmware sehingga Anda dapat memiliki paket terbatas (sebenarnya bukan milik Debian) serta paket dari Debian GNU/Linux pada waktu bersamaan.

Ada repositori perangkat lunak resmi dan tidak resmi yang tidak diaktifkan di instalasi baku Debian. Ini berisi perangkat lunak yang menurut banyak orang penting dan diharapkan untuk dimiliki. Informasi tentang repositori tambahan ini dapat ditemukan di halaman Wiki Debian berjudul The Software Available for Debian's Stable Release.

Versi alternatif aplikasi dikelola oleh update-alternatives. Jika Anda mempertahankan beberapa versi aplikasi Anda, baca halaman manual update-alternatives.

Pekerjaan apa pun di bawah lingkup administrator sistem harus ada di /etc, karena mereka adalah berkas konfigurasi. Jika Anda memiliki pekerjaan cron root untuk eksekusi harian, mingguan, atau bulanan, masukkan ke dalam /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Ini dipanggil dari /etc/crontab, dan akan berjalan dalam urutan abjad, yang menserialkan mereka.

Di sisi lain, jika Anda memiliki pekerjaan cron yang (a) perlu dijalankan sebagai pengguna khusus, atau (b) perlu berjalan pada waktu atau frekuensi khusus, Anda dapat menggunakan /etc/crontab, atau, lebih baik lagi, /etc/cron.d/apapun. Berkas-berkas khusus ini juga memiliki bidang tambahan yang memungkinkan Anda untuk menetapkan akun pengguna tempat pekerjaan cron berjalan.

Dalam kedua kasus, Anda cukup mengedit berkas dan cron akan melihatnya secara otomatis. Tidak perlu menjalankan perintah khusus. Untuk informasi lebih lanjut lihat cron(8), crontab(5), dan /usr/share/doc/cron/README.Debian.